ソレを容易に発見出来る様にするのがサーフェイサーです。
塗装のノリも良いです。

> わたしが買ってきたパテは「Ｍｒ．パテ」（グンゼ）です。
> “速乾タイプ”とも書いてあります。

速乾は薄く何度も重ねるのが基本。
速乾って言う語感に騙されては駄目です。

> ペーパーをかけてからパテうめ？
> それともパテをうめてからペーパー？

オイラは、パテで繋目を一旦隠してからペーパーです。
ペーパーも耐水ペーパーの２０００番台を使用します。
そしてサーフェイサーで確認して、駄目ならば
再度パテ盛りをして水研ぎします。


追記
オイラの場合は面倒なのでインチキするんだな。（＾＾；
ハッキリ言えば、有機溶剤使ったり、レジンを盛り足して
目止めしちゃうのよ。