ニッパーや爪切りなんかでパーツを切り取った後に残るランナーの一部をきれいに取り除くにはデザインナイフ（またはアートナイフ）があると便利です。これはペン型のグリップの先にカッターの刃が付いているもので文房具店に行けば売っています。
注意点としては切れ味が異常に鋭いので力を入れて削っていると時々自分の指をスパッと切ってしまうことがあります。これを使っている大抵の人は経験があることだと思いますが。

パーツを切り取った跡が残っていると完成度が大幅に下がりますのでここの処理はきちんとしておきたいところです。これだけでかなりいい感じになるはずです。