荒俣弘氏の帝都物語では
かごめというのは、６角形の魔方陣みたいな形をしたもので、
破魔矢とかみたいに悪霊を追い払う力があるものとしてでてきてます。
んで、かごめかごめの歌もそれに準じていて始めは呪的な効果をもつ歌としての
意味合いが濃かったのでしょうがときがたつにつれてその意味は失われて
市井に知らず知らずのうちに普及したみたいです。

かなりうろ覚えのうえ、帝都物語での扱い自体フィクションかもしれませんので
参考までに聞き流してもらえれば幸いです。