私がよく行くのは
ツートップ
ジークスの2F,3F(店の名前は忘れた)
です。ツートップはハードのパーツ全般が安いです。あと、
ジークスの方はメーカーもののデスクトップ機とか、MOとか
メディアやソフトの類が安いです。
あと、3号線沿いに何とかアイランドとかいう店があります。
結構穴場で、物によっては意外と安かったりします。

それ以外にも、安くはないのですが、
・DOS/Vパラダイス
博多駅の近くにある。目立たないので、初めて行く時は
見つけきれない可能性あり。
・αランド
大博通りに面している。書籍の類が多い。
・PC in
長浜公園のすぐ近くにある。全然安くない。
・マップ九州
中古品が結構ある。
・アプライド平和台球場店(だったかな?)
中古ソフト中心。ハードはあんまり置いてない。

という店があります。