> ということは、「全然違う」と言うのは、やはり誤った使い方でしょうか？。

文法的なことは、わかりませんが、「違う」という言葉自体に否定的な意味合いが
含まれているせいか、使ってみて違和感は感じません。

では次に、「全然〜ない」を使って、「全然違わない」と書いてみましたがどうでしょうか？
わたしにとっては、こちらのほうが違和感があります。

よくわかんなくなってきた...