ゲームは、原作の中の１エピソードという形を取っていまして、
ゲームをする人は、攻殻機動隊の新人と言う設定になっています。
破壊活動を行うテロリストを壊滅させるのが目的となっていて、
様々なシチュエーションがステージ毎に用意されています。
自分はまだ途中ですが、今のところ人形使いは出てくる気配がありません。
たぶん出てこないのではないでしょうか。
おおざっぱですみません。
ちなみに原作第２部のサブタイトルは「MANMACHINE INTERFACE」です。