>>>最終話（２５だったかも）で、ミサトとリッちゃん、撃たれて死んでたのは夏への不吉な予感ですか？
>>>ゲンドウをみちづれにするとおもいます

映画は２４と２５話の間の位置づけのはずです。（今となっては知りませんけど）

レイとゲンドウのシーンのが映画とうりふたつなのを考えると他のシーンも映画とリンクしているんじゃないでしょうか。
ゲンドウはMAGIが守るでしょ、たぶん。自分の娘より自分の男ですから。