限定のペンは知りませんが、
普通に売っている、劇場版の時のグッズならアニメイトにありました。
なお、それ系の店なら大抵置いているはずです。
店毎に品揃えが微妙に違うモノで。

京都編：
アニメイト京都店に無ければ、喜久屋、ナムコの最上階、あにまにあ、ｅｔｃ．
ふつーどっかに絶対あるパターン。
某氏に頼まれた吉田古奈美のニューアルバムだけは凄い探した年末の苦い経験。