> ダハネの警察署長に密輸取引現場を押さえるよう依頼がきて
> チョウを捕まえたのですが、その後手に入れた暗号文が
> 理解できません（すべてのはじまりはおわりからはじまり
> 上と下に挟まれたものは〜ってやつです）

これは恐らく、密輸した拳銃のありかを記した暗号のことだと思うのですが、私もわかりませんでした（笑）。
で、どうやって解決したのかというと、波止場の倉庫をしらみつぶしに探したら見つかりました。

とゆーわけで、暗号のことはわからずじまいです。暗号を解いた方、いらしたら教えてください。