２周目の相違点はそんなところだと思います。
ストーリーの変化などはないと思います。

> あります）ラスボスの部屋の向かいには
> 入れないし・・・あそこってどうやったら
> 入ることができるのでしょうか？

で、これですが、入ってますよ。ナオミのときに。
それで部屋が崩れて入れなくなった、と。
理にかなってますよね？

でも、ホンネ言うとストーリーにも変化欲しかったですね。
リーダーのところとか。