> ３面の大気圏突入のＢＯＳＳがどうしても倒せません。
> ビームライフルを当てても敵にダメージが与えられてないみたい。
> （敵がフラッシュしない）。
> 倒し方誰か教えてください。

大気圏突入の面はとってもむずかしーです。
えっと、あと、３面はライラ大尉を殺す処(^^;)なので、４面ですね。

さて攻略。
４面はシロッコのメッサーラを倒して、そのあとマラサイを相手にする面ですよね。
シロッコはこれといった攻略はありません。ただヒントとしてはＬをずっと押しながら移動するとカニ歩き(^^)みたいな感じでポーズを固めたまま動けるので、右左に振り向く事がなく、スキがないので少しは楽になります。視界からメッサーラが消えたら適当にＬを押しながらダッシュして縦からの攻撃を避けましょう。縦からの攻撃でなかったら、ひたすらＹボタンとＡボタンを連打。これの繰り返しです。

お次はマラサイの攻略。あらかじめザコを全て倒した後にバズーカに切り替えてちょっと中心より上にセットしておきましょう。そしてジェリドが「今度こそ、今度こそ！」といった後にバズーカを一回発射させてどっちかに当てます。そうしたら当てたほうに集中攻撃でサーベルやＮＴ攻撃をひたすら当ててどっちか一機を倒します。一機倒すとジェリドが立ち退いていくのであとは残ったほうに一対一で戦うのでここからは簡単でしょう。

あと、あまりビームライフルは使わないほうが良いと思いますよ。