> 買ってから半月、じっくりと腰を落ち着けてプレイしてきたサンダーフォースＶを、さっきやっとクリアしました〜

おめでとうございます。

> 改めてすばらしいシューティングだと思いました。

そうでしょうそうでしょう。すばらしいでしょう。

> でも、エンディングはなんかあっさりしすぎてるんですね。
> スタッフロールもなくて、なんか謎めいたまま終わってしまって・・・
> イヤじゃないですけど（＾＾；

おや？スタッフロールが無い・・・と、いうことは。

> 最終ボスもその前の６面のボスの方が強かった気もするし・・・
> う〜ん、ラストがほんの少し不満で、総合評価９９．９９９９９点ってトコですか（笑）

ちょっと確認してください。
オプション画面の項目の中に、「クリア回数」をカウントしている項目があるはずです。

そこの数が増えてなければ、「真のエンディング」を迎えてない事になります。

どうですか？