> そんなにストーリーがいいのですか？

好き嫌いが分かれるストーリーですが、個人的にはいいと思います。
しかし、このゲームの一番凄いところはストーリーとシステムが融合している点でしょう。

> パソコン版からサターン版になった所での退化（エロシーン以外で）はありますか？

ロード時間がやや長くなった、音声とBGMのバランスが変、追加されたムービーがしょぼい、
こんなところかな。

> 完全クリアにはどれくらいかかります？

音声を全部聞けば100時間以上かかるそうですが、普通にやれば40時間ぐらいかな？
自分は98版をプレイしているので30時間程度でしたが。