新たなセーブも初期化もせずに、（＜ここがけっこうポイント）
電源切ってパワーメモリーを差しなおしてみてください。

パッドのＲを押しながら電源を入れるとデータ管理画面に直行するので、
そこでパワメモが認識されて、なおかつオウガのデータが残っていたら
泣くことはなくなります。（＾＾）
もしパワメモの項が出なかったり、パワメモの中のデータが変になってても
（残りブロック表示が変だったり、オウガのデータがなかったり）
諦めずに（電源を再度切って）何回か差しなおしてみてください。
５０時間をムダにするよりはマシです。

個人的な話ですが、私の場合
タクティクスオウガは、バックアップをパワーメモリーに
変更する操作に時間がかかるので、
途中から本体にデータをセーブしてプレイするようになりました・・・。
（借り物なくせにグランディアにかまけて中断してますが^^;）