まあ、簡単に説明するとＭＣＤ版はいわゆるＲＯＭ時代のＲＰＧのお約束に対して、
重馬氏が若さをぶつけてみた作品と言えるでしょう。
一方、ＳＳＳはＥＢという名作を経験した上で、良くも悪くもＥＢに作者自身が
毒されてしまった作品と言えるのではないでしょう。
ＥＢをやれば、何を言っていたか全て分かると思うので、細かいツッコミをして
回答を全て得ようなんて、考えない方が無難かもしれません。
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まず、ＭＣＤ版ではルーナはホンメル島を出ません。
ブルグ村でアレスの帰りを待っています。
そのため、あまり目立たないヒロインとか言われています。
で、再会した直後にさらわれる、と。
ＳＳＳで「船・歌」をやりたかったに

ＭＣＤ版では、竜は白竜以外死んでいます。
黒竜は１５年前に狂った挙げ句、ダインと闘って倒されています。
ダインはこのとき、全魔法力を使い果し、レイクになっています。
ＳＳＳでは、全ての竜の力を得るために竜を封印しますが、
アレはガレオンの力の凄さを表すためです。

ＳＳＳではさらわれるのはルーナと歌姫ですが、ＭＣＤ版では
ブルグ村全員がさらわれて鉱山で強制労働をさせられます。
そのさいにガレオンはダインの墓を破壊します。
＃「生きているのに墓なんて」ってことです。

ＳＳＳでは白竜の翼はレイクから渡されますが、
ＭＣＤ版では白竜に「ドラゴンマスターになることができるか分からんが」
とか言われて託されます。
貰った時はしおしおで元気がないですが、ルーナを目の前で
さらわれた怒りに反応して、突然輝き始めます。
＃その後から、フィールドのＢＧＭが変わる。

女神が転生した理由は、ＭＣＤ版では単に老化して力が衰えたので、
新しい力を得るために転生したとなっています（ちょっと自身なし）。
これが黒竜が狂った原因ともなっており、親友ダインの力を失ったことに対する
ガレオンの女神への怒りにもなっています。

ＭＣＤ版は機械城の最上階でガレオンと対決してお終いです。
その際に、なんか不気味な中身が出てきます。
ＳＳＳでは魔法都市アルテナを飛ばしますが、これはアレ対策でしょう。

ＳＳＳではレイクの正体がバレてから、すぐにアルテナに行ってしまいますが、
ＭＣＤ版では親父さん達とも話せるので、実は全部知っていたことが分かります。

以上。