ぼくの場合はジャスティンとラップに神木の守りを持たせて
天地神明剣&新魔球で２ターンでメガイヤをやっつけてしまいます。
フィーナは何もしてない(たぶん)です。
全体魔法の多用はあまり意味が無いと思います。

まぁこれはさすがに無理でしょうから
○エー○の結界を使ってみて下さい。
あの魔法は技を封じ込めることになっていますが
それ以上に敵を足止めしてくれます。
始めにどちらか一方のメガイアを封じて
ほかのキャラでMP回復
信頼の絆を使って
○エー○のIPを回復させて
また結界
これを繰り返せば多分簡単に倒せると思います。
精霊の秘薬と信頼の絆は
あるのなら３人に持たせればと
ストレス無くいけると思います。