遅レスなんで読んでないかもしれませんが、
私もラスボス（第１段階）を倒したときにフリーズしました。
原因を探ってみると、どうも倒した瞬間にキャラクター４人以外の
物が画面上にあるとフリーズするみたいです。
（２回ほどわざとフリーズさせてみたので確実にバグだと思う。）
具体的にはラップの飛び道具。これを刀に持ち替えたらすんなり
クリアできました。試してみてはどうでしょうか。