> 予想できる大筋のストーリーと，予想もつかないキャラの態度の
> 豹変ぶり（そこでどうしてそんな台詞がでてくる！？）

キャラの態度の変化についてはわかりませんが、
（今までのところだと・・・あの辺りかな？）
ストーリーについては、「ある程度予想させる」ことを
前提に作ってると思います。（ガーライル軍の動向を入れるとか・・・）
古い話ですが、メガＣＤ版ルナ１がそんな感じでしたし

> リアルタイム戦闘なのにキャラ間の攻撃の順番調整ができない
> （待機ぐらい作ってよ）ため戦術性も薄く，行き当たりばったり．

防御系のコマンドを実行後は、次の順番が非常に早く回って来ますので、
試してみては？
余談ですが、相手の特殊攻撃をとっさに避けて反撃ってこともできます。
（実際、防御系コマンド（特に回避）に意味のあるＲＰＧって最近珍しい）
あと、どうしてもこっちのキャラの行動を先にしたい！という場合は
「しんらいの・・・」（だったっけ？）というアイテムを使う手もあります。

敵の行動順番を調整する方法は、わかりますよね？
（一番簡単なとこだと、行動を遅らせたいキャラに「クリティカル」を使う）

魔法アニメーションしょぼいすかねぇ・・・
まぁ、見方によって違うと思いますけど。
（私なんかは、Lv３魔法初めて使ったときは「おお！」とか思わせられましたが）

プレイ時間26時間ちょいのＫＩＭでした。