右下のコース図を見ると分かりますが、コースが複雑に絡み合ってます。
これは、全部のコースを辿れと言ってるわけではなく、このなかから好きなルートで
走っていけばいいわけです。さらに、そのコースに沿っていく必要もありません。

例えば、スタート地点から右のルートに行ったあと、ジャンプで左の川を飛び越して
左のルートに行ってもかまわないわけです。

この辺がソニックＲ最大の特徴であり、分かりにくくしている原因でもあります。
個人的には、ここが面白いところなのだと思いますが、今のユーザーは自由な
ゲームが苦手みたいですし。