> 　２週目のエンディングは一週目のものと異なるのでしょうか？
> 　ストーリーに何か変化があるのでしょうか？　
>
> 自分の場合は何も変わりありませんでしたけど。どうなのかな。
>
> 「選択」によって変わるとこはあるですよ。ほんの少しだけ。
エンディングについてはわかりませんが，
アルゴン本社に潜入したとき，フィネガンとの共闘を断ると，
封印を全部といた上で，フィネガンと決着をつけることになります。

まあこれも，マルチストーリーとはいえませんが。