> 最初の船でどうしても３分を切ることができない・・・
> どこで時間を縮めればいいのかな？
> ポイントは何？

だいぶ昔の話なので忘れかけてますが、覚えている範囲で少々・・

重要なのはやはり船の外側を通ることですね。
出たり引っ込んだりしている板がある所を通ることや、
船尾からジャンプを繰り返すルートを通るのは必須です。
船内の部屋を通っていくルートでは３分は切れないと思います。

もうひとつは、同一画面内で通れるルートは意外に多い、ということです。
正直に地べたを歩き回るだけではダメで、ジャンプを駆使するのが効果的です。
積みあがった袋の上へ飛び乗ったり、甲板上のダメージ床を飛び越えたり・・
それと、基本的に落ちてるアイテムは無視です。

また、剣を使ってぶっ壊したり位置を移動させることができたりするものが
いくつかあります。
ブロックや氷に向けて剣を振れば動かせる（ものもある）ので、
通れないと思っていた場所をあっさり通過できる、という箇所があります。
まずは、どれを動かせるか、あるいは壊せるかをじっくり時間をかけて
下調べしておき、このルートなら行けると決めたらタイムアタックしてみるといいでしょう。

・・そして、超基本の「ダッシュ」です。
常に走り続けなくてはきっとタイム短縮できないと思います。

がんばってパラレルシナリオの妙を味わって下さい。
ただ、もしもまだ３分オーバー場合のシナリオを未クリアなのであれば、
３分オーバーしても、そのまま素直にゲームを進めて行くのがいいと思います。