> 「感動した」とか「涙が出た！」などと言われてますが、私には何が何だかわ
> かりません。
> サタマガ等も何度も読みましたが、よくわかりません。
> （ストーリーもイマイチわかりずらい）

真のEDを見たでしょうか?
ラスボスをハイテンポボーナスが付く状況で倒さないと、真のエンディングは見
れません。

爆発の中でラスボスが逃げていき、スタッフロールも無いエンディングなら、そ
れは偽のエンディングです。

ネタバレの為、いちおう、改行を入れます。
真のEDを見てから、下の方までスクロールさせてみてください。

＃ サ
＃ ン
＃ ダ
＃ ｜
＃ フ
＃ ォ
＃ ｜
＃ ス
＃ の
＃ 続
＃ 編
＃ っ
＃ て
＃　、
＃ 出
＃ な
＃ い
＃ の
＃ か
＃ な
＃ ？
＃
＃ そ
＃ う
＃ い
＃ え
＃ ば
＃　、
＃ ガ
＃ ン
＃ グ
＃ リ
＃ フ
＃ ォ
＃ ン
＃ ２
＃ が
＃ 来
＃ 年
＃ 早
＃ 々
＃ 発
＃ 売
＃ ら
＃ し
＃ い
＃　。
＃
＃ 絶
＃ 対
＃ に
＃ 買
＃ わ
＃ ね
＃ ば
＃ ！

このくらい改行すれば大丈夫かな？

> なぜ、サンダーフォース４の戦闘機と戦わなければいけないのか？
> （ＴＦ４でも、変な仲間に改造されてましたが…？ 仲間じゃないのかな？）

ちょっと個人的推測、主観も交じっていますが、こんな物だと思います。

TF4の自機は、TF4の最後で廃棄されました。
そしてそれは長い間の漂流の末、地球圏に漂着し、地球人によって発見され回収
されました。
当然の事ながら、地球人には、その戦闘機がTF4で活躍した戦闘機であろうとは
知る由もありません。
しかし、地球人にとってそのスクラップに使われている技術は、完全なオーバー
テクノロジーでした。
地球人はその素晴らしいスクラップを、そのテクノロジーに対する畏敬の念を込
めて、「バスティール」と呼びました。

ガーディアン(TFVのボス)、ブリガンディ(TFVの自機)を初めとする地球の超兵
器の数々は、バスティールテクノロジーを流用して作られたものです。
いわば、バスティールの模造品とでもいうものでした。
＃ これらに対比する意味で、5面ボスの名称は「バスティール・オリジナル」と
＃ 称されていたのだと思います。

ところが、人類を守護するコンピュータとして作られた「ガーディアン」は悟っ
てしまいました。

「このバスティール・テクノロジーはあまりに強力すぎて、人類の手には有り余
　るものだ。
　このままでは、いずれ人類はバスティール・テクノロジーによって自滅の道を
　歩んでしまう・・・。」

まあ、バスティールは核兵器みたいなものだとでも思ったのでしょうね。
しかし、ガーディアンは悩みます。
人類を守護する為に作られたガーディアン(＝バスティール)が、将来的には人類
の脅威になってしまう・・・。
そこで、ガーディアンは決意します。

「地球にある全てのバスティール兵器を消滅させよう！！」

しかし、一つだけ問題がありました。
ほぼすべてのバスティール兵器はガーディアンからコントロールして支配下に置
く事が可能なのですが、ブリガンディー・シリーズを初めとするいくつかのバス
ティールは、ガーディアンからコントロールすることができなかったのです。

そこで、ガーディアンは最後の手段に出る事にしました。
自ら反乱を起こして人類側のバスティールテクノロジーをせん滅させ、地球圏外
に離脱して、地球人類からすべてのバスティールを奪う事にしたのです。
計画は99％まで上手く行きました。
しかし最後の最後で力尽き、最後にブリガンディシリーズが1体だけ(TFVの自機
のこと)残ってしまいました。

そしてガーディアンは最後の力でプレイヤーに語りかけます。(真エンディング)

「あなたの手で、最後のバスティールを破壊してください・・・。」