> なぜ、サンダーフォース４の戦闘機と戦わなければいけないのか？
バックストーリィで語られる通り、そもそもこの世界の地球でのハイテクノロジーはＶａｓｔｅｅｌ＝Ｒｙｎｅｘによってもたらされた物です。
今回のストーリィの要である、敵役のＧｕｒｄｉａｎはＶａｓｔｅｅｌテクノロジーを解析する為、Ｖａｓｔｅｅｌテクノロジーによって生み出されました。
ここら辺はＣＤの中のＯＭＡＫＥデータに表記して有る事ですが、Ｇｕｒｄｉａｎの基本思考プログラムには最優先事項として、「人類を守る」事がインプットして有ります。
後はエンディングに有る通り。Ｖａｓｔｅｅｌテクノロジーが精神的に未熟な地球人類にとって破滅をもたらす物と判断したＧｕｒｄｉａｎは、自分をも含めた全てのＶａｓｔｅｅｌテクノロジーを破棄する事を開始します。
それがＧｕｒｄｉａｎの反乱ですが、この戦いが人類が圧倒的に不利な状況で有るにも関わらず、Ｇｕｒｄｉａｎによって「勝たされる」形で幕を閉じます。（５面の最後でＧｕｒｄｉａｎ艦隊が壊滅するのは、Ｇｕｒｄｉａｎｌ自身がＯｒｉｇｉｎａｌ−Ｖａｓｔｅｅｌ＝レストアされたＲｙｎｅｘを用いて壊滅させたと我は認識しています。）
恐らく、Ｖａｓｔｅｅｌテクノロジーの解析プランに、Ｖａｓｔｅｅｌの復元という物が有ったのでしょう。地上面の自機であるＲＶＲ−０１のコンセプトがＶａｓｔｅｅｌの戦闘力の再現であった事を考えると当然でしょう。
Ｇｕｒｄｉａｎとしては全ての元凶でも有るＶａｓｔｅｅｌと、それを「完全に」再現したＲＶＲ−０２を何としても破壊しなければならなかったという事では無いでしょうか。
> （ＴＦ４でも、変な仲間に改造されてましたが・・・？ 仲間じゃないのかな？）
もともとＴＦ４の自機Ｒｙｎｅｘは未完成のまま発進した、という設定に成っています。
つまり、新たなる敵＝ファウスト軍が現れた当たりで、ようやく完全な形態になったのでしょう。
ちなみに、「変な仲間」は３で登場した自機の量産機と思われます。

> 関係ないですが、ナイツって感動的でしょうか？
> 個人的には、パンツァーの方が感動しましたが。

我としてはどちらも感動的でした。
両作品のコンセプトの共通した部分の「空を翔ぶ」という事においてはアプローチの違いこさ有るものの、成功を収めたと思っています。

「ナイツ」は「限定された空間」を自由に飛び回る。
「パンツァードラグーン」は蒼空を何処までも高く、遠く。

やっぱり甲乙つけ難い、という気がします。

分かり難かったら済みませんが、まあそういう事で。

では、サイナラ。