> 　エンディングの内容がよく理解できない。
> 心に残るものではあったが・・・
> 一応、真、バッド両ＥＤを見たけど、どっちも
> ？？？だった。
> だれか要約して教えて。

そうなんですよね、今ひとつ理解しがたいＥＤでしたよね。
もしかして次回作があるかも、、、という予感もあるのですが、、、（個人的に）
（クリアおめでとうございます！）

> 　あと、前作までとの関係も教えて。
> ひょっとして宇宙面のボスって前作の自機？

そうです、「ライネックス」本体ですね。
詳しいことはソフトをパソコンに入れ、ストーリーを見て頂ければ（READ MEなど）
良いと思いますよ。