上の人たちが言ってる幸運を使うしかないのですが、
使う基準を一つ。

敵のステータスを見れる画面になったらユニット能力の
右上にある修理費が高い敵に対して
幸運を使うといいです。
基本的にあの値の２分の１が手に入るお金です。
幸運を使えばあの数値が手に入ります。

あと、弱いユニットの中にも
幸運を持っているキャラがいるのですが、
そのキャラも戦闘にだし、
幸運を使った状態で戦艦に乗り込み
アムロなどてかげんを持ったキャラで
相手のHPを１０にしておき
戦艦で一気に側により
降ろしてバルカンなど
攻撃命中率の高い武器で攻撃。

これで地道に稼ぎましょう。
改造は使わないやつには一切資金を使っちゃ駄目。

以上