なんか主人公を変えると生じるのは、うっかり消してしまわない様な配慮みたいです。
ちなみに、恋人とのデータは共存するようです。

原因としては、「キャラクター図鑑」が、主人公＋恋人は一組しか登録されないからだと思います。
また、データ番号は本体とPメモリーでダブったりしませんよ。