同時発売だから，ほとんど変わらないのは，分かってるんですが，
微妙な部分があるでしょう．

例えば「ツインビー」の海中からボスが出る面の半透明効果とか，
「パズル玉」のボスキャラエンディングのありなしとか，効果音
の微妙な感触，なんてのは機種の違いが出易いところですよね．

最近，この同時発売ものの「差」の扱いが，雑誌等で過小にしか
語られない気がするのですが，なにか規制があるのでしょうか？

実際に比較してみると，おいおいってくらい違うものもあります
からね．（あくまでも「同時」発売ものですよ）